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2、数据库检索

数据库的选择是以所需物种、数据库注释完备性及序列可靠性为参考依据的。在选择数据库时,遵循如下原则,若为已经测序生物,直接选用该物种数据库,若为非测序生物,则选择与被测样品最为相关的大类蛋白质组数据库。

3、蛋白质定性及定量结果统计(略)

4、鉴定结果的评估

鉴定肽段序列长度分布



肽段的漏切位点数分布


鉴定肽段的电荷数目分布


定蛋白被肽段的覆盖率分布

5、鉴定结果的总体分析和差异蛋白筛选

全局分析



表达模式聚类分析


差异蛋白筛选

6、功能注释和分析

GO分析
GO Slim分析





 


而其上调和下调的蛋白数目比较如下图:

7、KEGG分析

KEGG的富集分析结果


上调和下调的蛋白数目比较如下图:


8、相互作用分析