16S/18S rDNA分别是编码原核/真核细胞核糖体小亚基的DNA序列，而真菌18S、5.8S和28S rDNA基因间隔序列称为ITS，ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。。细菌的16S rDNA，真核微生物的ITS或18S rDNA序列，既有结构与功能上的高度保守性，又有种属间高变性的特征，非常适合研究环境微生物群落结构组成、挖掘样品间微生物差异、研究其物种多样性。
环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物的16S rDNA 、18S rDNA或ITS高变区的PCR扩增产物进行高通量测序并分析该环境下微生物群落的多样性及特征，因此微生物扩增子测序又被称为微生物多样性测序。常用于疾病与人体肠道、表皮微生物的关系研究，肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化的研究等领域。
16S/18S/ITS扩增子测序，首先提取样本全基因组DNA，使用特异性引物扩增出目标区域序列，构建文库后使用Illumina Hiseq2500进行PE250测序，从而获得目标区域的序列数据信息。
博淼生物将肠道微生物16S/18S扩增子测序，与博淼核心品牌服务之粪便代谢组学研究进行整合方案设计，可以初步分析特定菌群与代谢物的功能相关性，成为目前微生物领域研究的热点方向之一。
基于16S/18S扩增子测序廉价的检测成本，可以通过该技术进行大样本的检测，分析不同分组间的菌群差异性。再通过宏基因组测序技术进行小样本的检测，从而深度挖掘差异菌群的基因功能，最大限度的结合了两个技术的优势，属于高性价比的技术方案。
除了经典的高度变异区域16S的V3+V4、18S的V4/V9、ITS的ITS1/ITS2的扩增子检测之外，也可根据合作伙伴项目需要，可以灵活选择不同的可变区进行检测。
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