预售开启 | Visium HD空间基因表达震撼来袭—单细胞分辨率，FFPE样本的福音！
发布时间：2024-02-05 分享到：
继10X Visium CytAssist仪器推出之后，10x Visium HD空间转录组产品震撼来袭，能够将全转录组空间基因表达的能力与单细胞分辨率相结合，发现组织中微米级的独特生物学见解。通过易于运行、基于CytAssist的工作流程，获得一流的数据质量。小淼今天给各位小伙伴详细介绍一下10x Visium HD空间转录组。
一、技术原理
10x HD芯片由连续的2*2 μm的方格组成，每个2*2 μm的方格中存在特定barcode进行位置区分，方格间无gap，spot点的区域信息全覆盖。
二、技术特点
v 单细胞分辨率：新一代玻片的结构是在2 x 2 µm的带条形码标签的方格中提供转录本数据，以单细胞分辨率对组织进行生物学分析；
v 连续的组织覆盖：通过连续排列有寡核苷酸的捕获区域（并且条形码方阵之间没有间隙！），探索整张组织切片中以往被隐藏的生物学信息；
v 高质量的空间数据：CytAssist平台能够实现精准的转录本定位，绘制最小生物结构和最复杂细胞微环境的空间结构图谱。
三、实验流程
Visium HD工作流程包含：
- 对质检合格的FFPE样本进行H&E染色，确认切片结构；
- 探针杂交连接后，通过Visium CytAssist仪器进行捕获；
- 探针延伸、cDNA回收；
- 文库构建、测序；
- 数据处理分析及可视化。
三、技术对比
四、兼容的样本类型（下图仅是10x内测样本展示，实际可做样本种类不限于此）
五、技术问题解答
1. 10x Visium HD目前支持哪些物种？哪些样本类型可做？样本质量对应的要求？
支持物种：目前HD可提供人和小鼠的空间分析，由于HD使用探针捕获原理，其他物种暂不兼容；
支持样本类型：目前只接收FFPE石蜡样本，后续会逐渐扩展到FF（新鲜冰冻）样本，敬请期待；
FFPE样本要求：建议老师选择DV200≥30%的样本进行后续实验。
2. 10x Visium HD官方推荐数据量是多少？
官方推荐最低275M read pairs x 捕获区域组织面积覆盖百分比，以PE150双端测序来讲，就是150 bp x 双端 x 275 M reads = 82.5 G，即100%组织覆盖度下最低测序量为82.5 G。
3. 10x Visium HD的分析时需要注意哪些？
实际分析时，可以在方格（bin）组合时以2μm为单位灵活进行不同分辨率的调整，官方建议采用8*8 μm（考虑数据密度及细胞结构等）进行分析。
4. 除无gap外，10x Visium HD还有哪些产品优势？
HD芯片为探针原理设计，相对PolyA的捕获原理，基本能检测到的基因数更高。与CytAssist一样，质量要求更低，不同保存条件下的样本（已贴玻片、预先染色）均可兼容。
目前，博淼10x Visium HD空间转录组产品已开启火热预售，您可与博淼区域销售经理联系，咨询相关事宜。我们将尽快与您取得联系，答疑相关问题。
博淼单细胞组学技术服务项目列表：
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