4006-506-908

宏基因组数据分析服务

发布时间:2019-04-12 分享到:

 

数据质控

将测序得到的raw reads,需要被剔除接头序列,低质量的序列和嵌合体。如果样品中存在着宿主污染,需要与宿主数据库进行比对,过滤掉来源于宿主的reads。最终得到clean reads

 

宏基因组数据组装

原始下机数据 (Raw Data) 通过质控后获得过滤数据 (clean reads),采用Megahit软件进行Metagenome组装,对组装结果中长度不小于500 bpscaffolds数据进行统计:

 

物种组成展示分析

 

样品菌落结构柱状图(横坐标(Sample Name)是样品名;纵坐标(Relative Abundance)表示相对丰度)

 

 

物种Krona注释结果 (圈从内到外依次代表不同的分类级别,扇形的大小代表不同OTU的注释结果相对比例)

 

系统进化分支图(在图中可见几个大分支。该树由代表梭菌属和类杆菌属的两个大簇代表,其中后者的一个重要簇代表Prevotellaceae。较小的进化枝代表变形杆菌,古细菌,放线菌,螺旋体和纤维杆菌。其余节点和分支代表杂菌)

 

基于物种水平的PCAPCoANMDS分析

 

主成分分析图(PCA

 

主坐标分析图(PCoA

 

无度量多维标定法(NMDS

 

KEGG代谢通路比对

 

KEGG代谢通路图

CAZyme数据库比对

 

CAZy数据库注释基因数目分析

GO数据库分析