单细胞免疫组库数据分析服务
发布时间：2019-04-12 分享到：
Cell Ranger免疫组库分析：
富集有效reads，contig序列组装、注释，有效细胞评估，clonotype鉴定，多样性评估。
（1） V(D)J基因reads富集：将Read-pairs比对到V(D)J基因片段上，只有比对上的read用于后续的分析
（2） Denovo组装：过滤后的read按照barcode分组，每个barcode独立组装，其中每个barcode至 多有100k的reads用于组装
（3） 确定有效细胞数：对每个barcode中组装的contig进行UMI统计（至少2个UMI有足够的reads支持），按照一定标准评估有效细胞
（4） Contig注释：与参考序列进行比对：V，D，J，C，5‘UTR，逐一比对；确定CDR3区域；评估高置信度contig；
（5） 鉴定克隆型：通过精确匹配，把拥有完全相同的有效CDR3核酸序列的Cell barcodes组合在一 起
（6） 多样性分析：基因的多样性：V，D，J，C 基因的使用频率；V-J基因组合频率；克隆型的多样性：计算克隆型频率的逆辛普森指数，越大（接近细胞数）越多样
有效细胞统计
克隆性鉴定
多样性分析
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