单细胞转录组数据分析服务
发布时间：2019-04-12 分享到：
Cell Ranger基因表达谱分析：
（1）是10X Chromium平台的分析软件，可处理单细胞RNA测序下机原始数据，对齐读取，并执行聚类和基因表达分析。
（2）Cell Ranger基于基因表达水平对细胞进行分群，能深入剖析样品的异质性。它包含了4个 分析模块：
mkfastq： 可直接分析从测 序之后扫描碱基信号的BCL文 件，生成每样本的 FASTQ文 件用于后续的分析
count：获取FASTQ文件并 执行对齐，过滤，barcode 和UMI计数，分群和差异表 达分析。
aggr：聚合来自多次运行的 Cell Ranger count数据，归一 化至相同的测序深度，重新计 算基因表达矩阵并对组合数据 进行分析。
reanalyze：输入来源于Cell Ranger count 或 Cell Rangeraggr 的基因表达矩阵，重新调 节参数设置来分群和差异表达 分析。
(3) 有效细胞评估
根据 ChromiumTM Single Cell 3’ Solution的细胞捕获率（50%~65%）， 预估细胞数量N；
根据每个barcode 的 UMI数量降序排 列， 计算：前N个barcode中，在99 分位数的UMI， 记为Y；
满足条件 ( UMI数量 > Y × 10%) 的barcode即为有效细胞。
（4）数据量评估
表达量越高的基因，越容易被检出。表达量越低的基因，需要更大的数据量才能被准确检 出。单细胞表达基因数目是有限的，且具有时间和空间特异性，随着测序量的增加，检测 到的基因数目会趋于饱和，因此最终数据量也会趋于饱和。
（5）基本统计
上图是小提琴统计图。展示了样本的每个barcode中表达的基因总数和UMI数的分布密度；下图是barcode中的基因表达数与UMI数相关性图。
理论上随着测序数据量的增加，单细胞检测到的基因数量和UMI的数量也随之增加，并且 两者之间存在一定相关性。对于UMI和基因数明显离群的细胞有可能是潜在的多重细胞。
（6）分群和差异
（7）特征基因热图
（8）特征基因不同细胞表达差异
（9）特征基因注释
（10）差异基因表达及通路分析
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